臺式掃描電鏡早在1935年便已經被提出來了。1942年，英國首先制成一臺實驗室用的掃描電鏡，但由于成像的分辨率很差，照相時間太長，所以實用價值不大。經過各國科學工作者的 努力，尤其是隨著電子工業技術水平的不斷發展，到1956年開始生產商品掃描電鏡。現在掃描電鏡已廣泛用于材料科學（金屬材料、非金屬材料、納米材料）、冶金、生物學、醫學、半導體材料與器件、地質勘探、病蟲害的防治、災害（火災、失效分析）鑒定、刑事偵察、寶石鑒定、工業生產中的產品質量鑒定及生產工藝控制等。